菌類の本体は菌糸体であるが，そのほとんどの場合は土壌中あるいは木材中にあり存在の判断は子実体（きのこ）の観察で行う。子実体の生育期間は，いわゆる軟質菌と呼ばれるものは半日～3日程度であり，痕跡を含めても1か月以内，と確認時期にはタイミングが重要である。しかも，発生には水分や温度に左右されるものが多く，気象に大きく左右されるという確認の困難性がある。

選定する際に最も高く考慮されるのは共生する植物（主に樹木）の推移や宿主木材の多少の推移であり，菌根共生する植物や宿主材の減少によって菌類も減少する。判断基準の例として本県のブナ林，マツ林の衰退に伴ってそれとの菌根共生あるいは宿主としている菌類も大きく減少することが考えられ，実際現地調査結果においてもそのように判断された。従来発生が確認されていた地域を中心に調査し，前回記載を考慮して選定した。