種によって異なる様々な環境を生息地としている。以下のような環境が考えられる。

• １．山地森林部
  

  今回の検討で唯一最も高いランクの絶滅危惧IA類に位置づけたニホンモモンガのほか，ムササビ，ヤマネ，ニホンザル，ニホンイタチ，アカギツネ，コウモリ類など多くの哺乳類の生息地，繁殖地，採餌域となっている。特に，大径木にできる樹洞はさまざまな種の休息場，繁殖場として利用されている。

• ２．渓流
  

  今回絶滅危惧IB類としたカワネズミは哺乳類の中でも渓流環境に適応した生活様式を持つことが特徴である。また，林内の水系はコウモリ類の採餌場としても機能している。

• ３．社寺林
  

  森林環境が減少する中で，大径木のある古い森林が維持されている場所として社寺林が挙げられる。近年，開発によって社寺林の際まで人工的な環境になっている場合もあるが，社寺林は文化的な意味ばかりでなく，野生生物の生息地としても重要である。

• ４．自然洞窟・隧道・廃坑
  

  コウモリ類の重要なねぐら場所になっているが，その周辺域の森林も採餌場として重要である。

• ５．草地・河川敷・里山・都市内緑地
  

  低地部の川沿いはニホンイタチの本来の生息地である。また，アカギツネも森林と低地部の草地など様々な環境を利用する。カヤネズミ，ハタネズミなどにとって，平野部の草地や河川敷において，草原として維持されている環境は重要である。