県内に広く分布する。特定外来生物カダヤシの侵入や，水路の三面コンクリート化により個体数が減少している地域が多い。さらに，近年，メダカ改良品種の飼育ブームにより，それらの天然水域への遺棄が目立っており，それらとの雑種化が危惧されており，絶滅リスクが増加した。今後，対策を行わなければ，将来の減少率は30%を超えると予測される。

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オイカワなどの稚魚の総称として“めだか”と呼ぶ場合もあるが，学術的にはそれは間違いである。河川中下流域の植生が豊富なワンド環境やそれに連なる水路，山間のため池などに生息する。観賞用のメダカだけでなく，小学理科の教材で扱うヒメダカも品種改良したものであり，天然水域へ逸脱させないように注意が必要である。保全対象として検討する場合，在来純系集団であるか，遺伝子レベルでの確認が必須である。

DNA分析情報：城島・大井（2017）環境管理，（一財）九州環境管理協会，46：44-48．