本種の生息には，浮き石のある礫底や川岸の抽水植物の根などが必要であるが，河川改修等で生息環境は悪化している。前回評価時からの大幅な減少は認められないが，改善傾向も見当たらない。最近，筑後川水系でギギの生息が確認されているが，これは国内外来魚に当たる。

遠賀川水系，紫川水系と周防灘に流入する水系。河川の中下流域やそれに連なる農業用水路に生息する。