県内に広域分布するものの，主要な生息場である農業用水路と河川の改修，観賞用としての捕獲などの影響が危惧される。特に，近年，多々良川水系，那珂川水系などの博多湾に流入する都市河川での分布の狭小化が著しい。

県内広域（主要河川の下流域と周囲の農業用水路）

九州北部にのみ分布。平野部の河川や農業用水路などに生息。主にイシガイなどに産卵する。なお，最新版の魚類検索図鑑では，Rhodeus smithii smithii (Regan, 1908)として扱われている。また，種の保存法指定種スイゲンゼニタナゴをカゼトゲタナゴ山陽個体群として取り扱っているが，両亜種の遺伝的差異は明瞭である。九州固有亜種（あるいは固有集団）として九州でのカゼトゲタナゴの保全的意義は大きい。河村（2013）はR. smithii atremiusを本亜種名に推奨している。