筑後川産の本亜種は模式産地として重要。1940年代，中国大陸から近縁亜種タイリクバラタナゴが非意図的に導入され，分布を拡大し，亜種間交雑の結果，本州地方の在来集団は壊滅的状況にある。九州北部にはニッポンバラタナゴの生息地が多く残される一方，近年，多々良川水系，紫川水系などの都市河川で交雑が進んでおり，絶滅リスクが高まっている。観賞用タイリクバラタナゴの遺棄，主要な生息場である農業用水路のコンクリート護岸化，ニッポンバラタナゴの観賞用としての捕獲などの影響が問題である。

県内広域（主要河川の下流域と周囲の農業用水路）

日本固有亜種で，模式標本の産地にちなんで学名に久留米が使われた。平野部の河川や農業用水路などに生息。産卵期は春～初秋で，主にヌマガイ，タガイなどを産卵母貝にする。ニッポンバラタナゴの側線有孔鱗数は0～5でそのモードがほぼ0である。タイリクバラタナゴとの交雑が進むと有孔鱗数が増える傾向にある。交雑集団の確認には，側線有孔鱗数の確認に併せて，DNA解析による確認が望ましい。