県内のウナギ漁獲量は最近10年間で半減している。また，ここ数年，全国的にシラスウナギの不漁が続き，環境省RL （レッドリスト）(2013)でも情報不足から絶滅危惧ⅠＢ類にランクが変更され，全国的に深刻な状況にある。近隣諸国でも同様の問題を抱えており，最近，国際的資源保護管理に関する協議が開始した。日本，中国等での養殖が盛んであるが，その種苗は天然のシラスウナギに頼っており，早期の完全養殖技術開発と徹底した資源管理が必須である。他に，河川横断構造物等による河川遡上の阻害などが危惧される。

県内全域

一般に，海域で産卵，川で成長する降河回遊型の生活史を営むとされる。マリアナ海嶺で産卵し，葉形仔魚が海流に運ばれ，シラスウナギに変態して河川に遡上する。なお，現在は河川遡上期のシラスウナギが捕獲され，養殖用の種苗として使われている。

内水面漁業調整規則により全長21cm以下の個体の漁獲が禁止されている。