県内には広く分布するが生息域は極めて限られ個体数も少ない。また近年の治水目的の浚渫により本種幼生の好む植生の豊富な砂泥底の場所が消失している。前回評価時と比較して状況は全く改善していない。

今川，紫川，遠賀川，那珂川，室見川，筑後川，矢部川の各水系

河川中流域のヨシ等が豊富で水の清澄な緩流域に生息する。アンモシーテス幼生期には眼がなく，砂泥中に潜行し有機物等を食べて成長する。4～5月頃に成魚となった個体は河床上に出現し，流れの緩やかな場所で集団で産卵する。

スナヤツメには南方集団と北方集団 (Lethenteron sp. 1) が知られているが，県内のものはすべて南方集団とされる。