県内では周防灘の流入河川に自然分布するが，別亜種であるサクラマス（ヤマメ）種苗放流の影響で在来の集団は消滅の危機にある。前回評価時は天然不明であったが，文献調査や聞き取り調査の結果から，県内では岩岳川水系源流域のもののみが在来集団の可能性が高いことが明らかとなった。ただし，生息地から堰を隔てた下流側にはすでにヤマメが放流されており，県内の在来アマゴ集団は絶滅寸前であると判断される。

岩岳川水系

河川上流域の瀬淵構造の明瞭な環境を好む。県内では河川陸封型の生活史を有するものしか確認されていない。産卵期は10～11月頃で，流れのある浅い砂礫底に産卵床を掘り産卵する。主に水生昆虫類を食べる。なお，学術的にはアマゴはサツキマスの陸封型をさす名称である。

現存生息地は漁業協同組合により厳重に保護されており，かつてヤマメの放流が行われた記録もない。もともとは県内の周防灘流入河川（今川水系～山国川水系）に広く分布していた可能性が高い。