県内には留鳥として生息し，河川，ため池，水田などで繁殖するが，その生息密度はそれほど高くない。水辺の草むら，葦が密生しているところを好む。本種は半夜行性で，警戒心が強く，環境の変化に敏感と思われる。生息環境の悪化（水田やため池の整備による周辺の草むらやアシ原の減少）がヒクイナの生息地域を狭めている。

県内全域の平野部から丘陵地の河川，ため池，水田地帯に生息する。