ヒノキはスギとともに最も重要な造林種で，各地に広く植林されている。このようなヒノキ人工林のほかに，県内の山地岩崖などに，規模は小さいがヒノキ自然林が分布している。代表的な群落が英彦山南西2.5kmに位置する障子ヶ岳(標高896ｍ)の東斜面岩崖部や英彦山望雲台の絶壁頂上部に見られる。特に障子ヶ岳では，胸高直径30cmを越えるヒノキが多数生育している。

障子ヶ岳のヒノキ群落は，群落高30ｍに達し，高木層にはヒノキのほか，周辺域の植生を構成しているアカガシ，ブナ，ツガなどを散生する。亜高木層はあまり発達せず，ネジキ，リョウブなどが見られ，低木層にはアセビ，ハイノキ，ツクシシャクナゲ，ソヨゴ，シキミなど，草本層にはツルシキミ，ミヤマシグレ，シシガシラなどが生育している。望雲台の群落には，これらの樹種のほかに，ミズナラ，ベニドウダン，ゲンカイツツジなども混生している。

これらの群落は1991年の台風により甚大な被害を受けた。障子ヶ岳では倒壊したヒノキは伐採，搬出されたが，現在でも多数生育している。一方，望雲台では台風前の3分の1程度のヒノキが残存するのみである。しかし，ヒノキの稚樹は点々と生育しており，長い年月の後には回復するものと考えられる。