我が国の固有亜種で，全長5㎝前後。模式標本が1900年に「久留米の筑後川」で採れ，これを用いて新種の報告がなされた。このため九州北部の本亜種は分類学上注目され，「久留米の筑後川」は模式産地として重要。1942年に中国からハクレンなどに混じって，別亜種のタイリクバラタナゴが侵入し，1960-70年代以後，全国に分布をひろげた。その結果，両亜種が交雑し，本州の在来亜種はほぼ全滅。大阪府八尾市に純系がわずかに残るのみ。まだ九州北部には，ニッポンバラタナゴがかなりすむが，周辺に外来亜種がいるので交雑が憂慮される。

タイリクバラタナゴは，ニッポンバラタナゴより体高が高く，腹鰭の前縁に白帯を示す。いずれも繁殖期には雌の産卵管が伸び，雄は美しい婚姻色を示し，吻端に白い追星が出る。交雑個体の確認は，形態のみでは難しく，アイソザイムやDNA解析を要する。

本州では過去に琵琶湖・淀川以西，岡山まで。ほかに香川，佐賀，熊本，大分西部など。九州と関西の場合は不連続分布である。

平野部の河川やクリーク，かんがい用水路，池沼などにすむ。砂泥底や泥底を好み雑食性。産卵期は4～9月。雌がドブガイやイシガイなどの出水管に産卵管を入れて，貝の鰓に卵を産みつけ，雄が吸水管の近くで放精する。稚魚は全長7.5mmぐらいで貝から出て，早いものは年内に成熟する。